15 lisa: funktsioonid

15.1 raamatukogud

install.packages("ggplot2") laadib raamatukogu CRAN-ist alla library(ggplot2) muudab raamatukogu funktsioonid kättesaadavaks

15.1.1 bioconductor

First run biocLite script fron bioconductor.org source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
use ‘http’ in url if ‘https’ is unavailable. biocLite("edgeR")

15.1.2 Github

https://github.com following command installs xaringan (presentation ninja) package from GitHub user yihui devtools::install_github("yihui/xaringan")

15.2 failide sisselugemine

  • readit::readit()kasutab tidyverse, loeb sisse mida iganes
  • readr::read_delim(file, delim="") saad määrata delimiteri
  • readr::read_csv2() loeb sisse Exceli csv-d
  • readr::read_csv() loeb sisse csv-d
  • Addins/Gotta Read Em All - interaktiivne
  • readr::write_csv() & base::write.csv()

15.3 matemaatika

  • sum(x, na.rm = TRUE)
  • sqrt() võtab ruutjuure
  • prod() korrutab
  • log() naturaallogaritm alusel e
  • exp() anti-logaritm alusele e
  • log2()
  • log10()
  • round(x, 2) ümardab 2le komakohale
  • ^ - astendamine (** töötab ka)
  • * - korrutamine
  • / - jagamine
  • == - võrdusmärk

15.4 andmeraamid

  • tibble() andmeraami sisestamine rea vektoritena
  • tribble() andmeraami sisetamine tabelina
  • str(df) näitab tabeli struktuuri
  • nrow() annab tabeli ridade arvu
  • ncol()
  • class() annab objekti klassi
  • as_tibble() & as.data.frame()
  • add_row()
  • add_column()
  • distinct() eemalda duplikaatread
  • count() loeb üles tabeli rea väärtuste aesinemise arvu
  • add_count() lisab faktori esinemiste arvu tabelile uue veeruna “n”
  • table() annab väärtuste aesinemise arvu igal faktorite taseme kombinatsioonil
  • summary() summeerib tabeli
  • psych::describe() summeerib tabeli
  • colnames()
  • rownames()
  • rownames_to_column()
  • remove_rownames()
  • rowid_to_column() adds a column of ascending nrs starting at 1.
  • arrange(df, desc(column_name)) sordib read
  • top_n() annab n suureima/väikseima väärtusega rida
  • colSums()
  • rowSums()
  • rowMeans()
  • apply()
  • bind_rows(df1, df2, .id = "id") (base::rbind)
  • bind_cols() (base::cbind)
  • full_join(df1, df2)
  • left_join(df1, df2) ühendab df2 df1-e ridadega nii, et uusi ridu ei teki.
  • semi_join(df1, df2) filter: 2 tabeli ühisosa
  • anti_join(df1, df2) filter: 1 tabeli read, mis puuduvad 2. tabelis

15.5 NA-d

  • VIM::aggr() näitab puuduvad väärtused
  • sapply(diabetes, function(x) sum(is.na(x))) Mitu NA-d on igas tulbas.
  • VIM::matrixplot(x) NA-de plot
  • filter_all(x, any_vars(is.na(.))) annab read, mis sisaldavad NA-sid
  • na_if(x, y) rekodeerib vektoris x väärtused y NA-deks

  • coalesce(x, 0L) rekodeerime NA 0-ks

  • ``
  • ``
  • ``
  • ``
  • ``
  • ``
  • ``

  • ``